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Você confunde eclesiologia com dogma. Eclesiologia é o estudo da doutrina da Igreja, considerando-se o ensino do NT e as várias formas de estruturas que foram dadas ao longo da história, a fim que a ela cumpra suas funções [1]. Franklin Ferreira e Alan Myatt na obra "Teologia sistemática - uma análise histórica, bíblica e apologética para o contexto atual" abordam brilhantemente as questões que você elencou, ou seja, a eclesiologia protestante utilizando-se de estruturas romanistas.
Já dogma,está situado no contexto da revelação. Dogma, é claro, não coincide com a revelação, mas é uma maneira pela qual a revelação é explicada. Tomás de Aquino e os escolásticos não costumavam usar o termo, preferindo usar "artigos de fé". A partir da Reforma, a palavra passou a designar aqueles artigos de fé que a Igreja oficialmente formulava como a verdade que havia sido revelado. Ela reflete, portanto, um reconhecimento comum das igrejas romanas e reformadas que a formulação dogmática é uma atividade da igreja, muitas vezes decorrentes de controvérsia teológica ou da necessidade de esclarecer a fé a ser abraçada.




Bibliografia

[1] Deiros, Pablo Alberto: Diccionario Hispano-Americano De La Misión. Casilla, Argentina : COMIBAM Internacional, 1997;
[2] Komonchak, Joseph A. ; Collins, Mary ; Lane, Dermot A.: The New Dictionary of Theology. electronic ed. Collegeville, MN : Liturgical Press, 2000, c1991;
[3] Ferguson, Sinclair B. ; Packer, J.I.: New Dictionary of Theology. electronic ed. Downers Grove, IL : InterVarsity Press, 2000, c1988.