jcdizero,
Você confunde eclesiologia com dogma. Eclesiologia é o estudo da doutrina da Igreja, considerando-se o ensino do NT e as várias formas de estruturas que foram dadas ao longo da história, a fim que a ela cumpra suas funções [1]. Franklin Ferreira e Alan Myatt na obra "Teologia sistemática - uma análise histórica, bíblica e apologética para o contexto atual" abordam brilhantemente as questões que você elencou, ou seja, a eclesiologia protestante utilizando-se de estruturas romanistas.
Já dogma,está situado no contexto da revelação. Dogma, é claro, não coincide com a revelação, mas é uma maneira pela qual a revelação é explicada. Tomás de Aquino e os escolásticos não costumavam usar o termo, preferindo usar "artigos de fé". A partir da Reforma, a palavra passou a designar aqueles artigos de fé que a Igreja oficialmente formulava como a verdade que havia sido revelado. Ela reflete, portanto, um reconhecimento comum das igrejas romanas e reformadas que a formulação dogmática é uma atividade da igreja, muitas vezes decorrentes de controvérsia teológica ou da necessidade de esclarecer a fé a ser abraçada.